位相中心高が、アンテナ本体より上にあるのは、GNSS測量の仕様に基づく正常な状態です。
GNSS測量において位置を計算する基準は、機器の「物理的な見た目の中心」ではなく、「電波的な中心（位相中心）」に設定されているためです。D-RTK 3には、用途の異なる以下の2つの基準点が存在します。
アンテナ底面（ARP：物理的な基準点） お客様が実際に三脚やポールに設置し、メジャー等で高さを測る際の基準となる物理的な底面です。
位相中心（APC：電気的な基準点） 衛星からの電波を「ここで受信した」とシステムがみなす、計算上の基準点です。
【なぜ本体より上（空中）にあるのか？】
位相中心（APC）は、物理的な部品そのものの位置ではなく、GNSSアンテナが受信した電波の「電気的な焦点」にあたります。
例えば、パラボラアンテナの中心にある受信機（少し出っ張っている部分）や、虫眼鏡で光を集めたときの「焦点」が少し宙に浮いている様子をイメージしていただくと分かりやすいかと存じます。
これらと同様に、D-RTK 3のアンテナの電気的な焦点（位相中心）も、カバーの少し上空に結ばれるように設計されているため、本体よりも上の空中に基準点が位置しております。